Южноафриканският вариант е суперзаразен и показва почти пълна резистентност към имунитета: Георги Маринов

Георги Маринов, молекулярен биолог от Департамента по генетика на Университета в Станфорд: Вариантът наистина е невероятно суперзаразен. Второ, вариантът показва пълна или почти пълна резистентност към съществуващия имунитет. Т.е. в момента всички тези хора, които са карали COVID преди или са ваксинирани, се заразяват от вирус, който не се интересува особено от това, че те имат антитела към предишните.

Г-н Маринов, появи се нов вариант на COVID, който е твърде притеснителен. Какво всъщност представлява южноафриканският вариант и колко по-страшен е в сравнение с делта?

Вариантът беше забелязан за първи път във вторник сутринта. И се получи нещо безпрецедентно – обикновено тези неща се забелязват от малката група „ловци на варианти“, които ги следят, след което следват седмици на игнориране от широката общественост и едва тогава започва да им се обръща внимание (точно така се получи с Делта – минаха два близо месеца между осъзнаването на опасността от този тесен кръг хора и нейното по-широко признаване).

Не и в този случай – тук изминахме целия път от постване на първите секвенции в GISAID базата данни и предложение за нов вариант в GitHub-a на PANGO, до официално обозначаване на новия вариант (B.1.1.529), до заглавия в световната преса в рамките на само 36 часа, а след още ден вече имаме и затваряне на граници. Което показва колко сериозно е положението и какво е нивото на уплаха на доста високо равнище.

Вариантът се е появил най-вероятно в района около Йоханесбург и Претория в Южна Африка, където в момента той движи безпрецедентна по скоростта си четвърта вълна. Малко контекст, за да се разбере какво означава това. В Южна Африка населението е със средна възраст под 30 години, но страната е загубила 0.45% от популацията си по време на пандемията (толкова е извънредната смъртност; официалната е много по-малко, тъй като там повечето хора умират, без да се тестват), в някои провинции дори и 0.65%. За сравнение, България води в тази печална класация, като е загубила вече между 0.7-0.9% от населението си (в зависимост от това какво ще покаже преброяването относно знаменателя в калкулацията), но при нас имаме застаряло население със средна възраст 45 години.

Тази смъртност в Южна Африка е резултат на три големи вълни – една лятото на 2020 г., движена от оригиналния B.1 вирус, втора от края на 2020 г. и началото на 2021 г., движена от новопоявилия се тогава вариант B.1.351, и трета вълна от средата на 2021 г., движена от делта. Третата вълна беше толкова голяма, колкото двете първи вълни, взети заедно. Но още след първата вълна имаше сероизследвания, показващи заразяване от 20%, 30%, даже и 50-60% на места в страната, а след втората вълна се отчитаха стойности между 40% и 65%.

Т.е. след делта вълната в Южна Африка би трябвало да има малко хора, които не са прекарали вече COVID, както и голям брой, които са го карали повече от веднъж (имаше много реинфекции още по време на втората вълна). Към това се добавят около 30% ваксинации.

В този контекст наблюдаваме безпрецедентен по скоростта си скок на случаите (с 320% само за седмица в района на Йоханесбург и Претория) и също толкова безпрецедентна подмяна на доминиращия вариант. Дори на делта беше нужен поне месец да стане доминантен, когато изместваше предишните варианти, като това ставаше в популации с много по-ниски нива на предишно заразяване, а тук виждаме как за по-малко от две седмици всички случаи вече са новият вариант. По първоначални сметки новият вариант има 500% предимство, т.е. поне шест пъти спрямо това на делта спрямо Алфа.

Има две възможности да се обясни това.

Първо, вариантът наистина е невероятно суперзаразен. Само че това би го направило пъти по-заразен и от дребната шарка, така че едва ли е само това.

Второ, вариантът показва пълна или почти пълна резистентност към съществуващия имунитет (отново говорим за Южна Африка, където почти не са останали неинфектирани и неваксинирани хора) и реално сме се върнали към февруари-март 2020 г., когато за последно се наблюдаваха такива епидемиологични криви. Т.е. в момента всички тези хора, които са карали COVID преди или са ваксинирани, се заразяват от вирус, който не се интересува особено от това, че те имат антитела към предишните, много различни от него, версии на SARS-CoV-2.

Вероятно става дума за комбинация от двете неща.

B.1.1.529 има абсолютно ужасяваща комбинация от мутации, имащи отношение към избягването на съществуващия имунитет.

Но освен това има и серия мутации, за които се знае от други варианти, че дават по-висока заразност – мутации в N протеина, които осигуряват по-ефективно „опаковане“ на вирусните частици, мутации в т.нар. Furin Cleavage Site (FCS) на S протеина, които водят до по-висока заразност и повишена способност за предизвикване на сливане на заразени с незаразени клетки, и мутации, за които се подозира, че водят до по-мощна анти-интерферонна активност.

Дори и отявлен песимист като мен не предполагаше, че ще се стигне до поява на нещо такова толкова внезапно и от нищото, но ситуацията ескалира много бързо и е наистина критична в момента – говорим за потенциален рестарт на пандемията отначало.

Каква е причината за възникването на новите варианти?

По всичко изглежда, че основният механизъм за възникване на варианти до момента са хроничните инфекции у хора с имунна недостатъчност. Това дава възможност на вируса да еволюира в продължение на много месеци под натиска на имунната система, която обаче не е в състояние да го изчисти напълно, и по този начин да акумулира много и разнообразни мутации. Докато в един момент удари джакпота и намери точната комбинация, която да създаде нещо наистина чудовищно.

В подкрепа на тази идея са няколко факта.

Първо, има серия публикувани директни изследвания върху такива пациенти, при които вирусът бива секвениран лонгитудинално (има документирани случаи на пациенти, които не могат да изчистят инфекцията и повече от година), и точно това се наблюдава – акумулация на мутации с течение на времето.

Второ, няколко от новопоявилите се през последните 12 месеца варианти показват т. нар. дълги разклонения във филогенетичното дърво, т.е. те се появяват изведнъж с много мутации и са много отдалечени от всички останали секвенции, без да има нищо близко до тях. Това означава, че най-вероятно не става дума за предаване на вируса през отделни хора, при което той да акумулира мутации постепенно (тъй като в такъв случай може да се очаква да се наблюдават междинни секвенции), а точно за сценария, който описах по-горе.

Такъв беше случая и с B.1.1.7/Алфа, и с B.1.351/Бета, и с P.1/Гама, и т.н. Особено драстични са обаче последните два случая, които се появиха на рекордно дълги такива клонове на дървото – първо B.1.640 от Конго (Бразавил), който също имаше много плашеща колекция от мутации и беше първо открит през октомври, но той е нищо в сравнение с B.1.1.529.

За отбелязване е, че Делта беше изключение от това правило, тъй като той се появи вече с доста голямо генетично разнообразие от самото начало, така че там вероятно е ставало дума за предаване между хора, но вероятно пак с имунна недостатъчност.

Трето, до момента най-много и най-дивергирали варианти идват от южна Африка (с малка буква – държавата Южна Африка ги открива първа, но не е никак ясно дали всички от тях са се появили за първи път в нейните граници, просто в околните държави почти или изобщо не се секвенира, с изключение на Ботсвана) - първо B.1.351, после C.1.2, B.1.638, сега и B.1.1.529. А.30 също беше хванат там, макар че вероятно е от Танзания. А това е регионът в